Situat într-un areal locuit încă din neolitic, oraşul Ştefăneşti cunoaşte o istorie întinsă de-a lungul a 6 veacuri, care îl impune ca un centru de tradiţie al comerţului şi al vieţii economice de pe valea Prutului, ca o vatră a culturii şi a civilizaţiei moldoveneşti. O primă atestare documentară a unei localităţi în acest areal este pusă în relaţie cu şederea îndelungată a domnitorului Ştefan al II-lea, în 1435, în satul Gura Başeului , de la care voievod se pare că ar proveni şi actuala denumire de “Ştefăneşti”. Bine poziţionat la întretăierea drumurilor Iaşi – Hotin şi Soroca – Suceava, postat strategic la vadul Prutului, Ştefăneşti va fi transformat la începutul domniei lui Ştefan cel Mare într-un orăşel (Ocol Domnesc) cu o rază administrativă de 30-40 km., care va înflori cu timpul datorită sporirii tranzitului comercial. Astfel Balthasar de Piscia consemnează relatarea unor genovezi despre atacul tătarilor din 1476 când “au călcat târgul Ştefăneşti, aşezat în preajma Sucevei”;mai târziu Miron Costin în Poema Polonă (1694) îl denumeşte “miasto” (oraş), iar Dimitrie Cantemir în Descrierea Moldovei (1716) îl creionează astfel: “Ştefăneştiul, târguşor (lat. opidium) de Prut în care turcii după ce au curăţat râul, au ridicat un atelier de corăbii şi hambare cu hrană pentru oştile care se aflau la Hotin”. Evoluţia aşezării nu este doar ascendentă, invaziile tătarilor, polonilor, cazacilor şi desele înfruntări armate din zonă marcând momente de descreştere a localităţii până la perceperea lui ca un sătuc.
Cu o economie agrară, prosperitatea Ştefăneştiului era determinată de perioadele de pace şi de intensificare a schimburilor comerciale, aşa încât abia în a doua jumătate a secolului al XVI-lea oraşul devine un punct important pe hărţile europene (cum ar fi cea a lui G.Reichersdorff din 1550 sau cea a lui D. Custos din 1596,etc.). Momentul corespunde cu schimbarea capitalei la Iaşi şi cu extinderea rutei comerciale către Galaţi, ceea ce impune orăşelul ca popas obligatoriu de poştă pe ruta Drumul Furilor – Sleahul Hotinului (Galaţi-Hotin); acum la Ştefăneşti fiind atestat un han (1600), o piaţă mare (1593), o garnizoană numeroasă de 1000 oşteni (1612) şi aproape 2000 de case (apreciere în epocă a unui vizitator: Tomasso Alberti, ceea ce îl determină pe marele istoric C. Giurăscu să aproximeze populaţia de atunci la 10000 de locuitori).
Sfârşitul secolului al XVII-lea aduce o diminuare a importanţei şi o încetinire a evoluţiei târgului Ştefăneşti în principal datorită dispariţiei Ocolului Domnesc. Totodată se face trecerea către proprietatea boierească, care ajunge să stăpânească mai întâi parţial, apoi total proprietăţile şi viaţa economică. Astfel începând cu 1745 familia vistierului Th.Paladi îşi face tot mai amplu simţită prezenţa pentru a ceda locul, după 1845, familiei hatmanului N.Mavrocordat. Implicarea acestor familii boiereşti, navigabilizarea Prutului – menţionată în 1711 şi puternicul exod al evreilor, determinat de evoluţia geopolitică a Imperiului Habsburgic în nord-vest şi a Imperiului Ţarist în est, impulsionează Ştefăneştii, care redevin un centru economic şi comercial prin construirea atelierelor de croitorie, de prelucrare a pieilor, de fabricare a săpunului, a lumânărilor, a berii, prin apariţia cuptoarelor de obţinere a varului, a morilor, a brutăriilor, a velniţelor de ţuică.
Deja în 1798 erau 199 de dughene conduse de comercianţi români – specializaţi în prelucrarea pielii, evrei – specializaţi în importuri şi comerţul cu băuturi şi armeni. O clasificare a principalelor oraşe ale Moldovei din 1600 situează Ştefăneştii pe locul 16 (la Heidenstein), având ca stemă 2 păuni aşezaţi faţă în faţă integrand un spic de grâu şi o stea în partea de jos, cu legenda în slavonă, iar ca sigiliu o mână ce ţine o floare de crin. In 1834 ţadicul Nahum Friedman creează “Curtea rabinică din Ştefăneşti”, care va deveni centrul hasidismului din Moldova şi va orienta comunitatea evreiască spre Ştefăneşti, astfel încât, de exemplu, în 1859 în Ştefăneşti erau 1457 de evrei. Uşor-uşor târguşorul se modernizează şi trece către a altă etapă a istorie sale: în 1820 este atestat iluminatul public prin menţionarea a doi fanargii, în 1837 este atestat un feredeu (o baie), din 1839 se cunoaşte o primă şcoală, condusă de Ilie Mischievici, cu predare în limba germană şi română (alte şcoli trebuie să fi funcţionat pe lângă biserici, cum o dovedeşte personalul clerical numeros : câte 11-12 membri). In 1884 se construieşte sub conducerea dr. Ghe. Glod un spital cu o capacitate de 54 paturi.
In 1902 apare prima bancă – Banca Dezvoltarea cu 102 membri. Ia fiinţă “Liga cultural Stefan Octavian Iosif” având 230 membri fondatori, apare Judecătoria, se construieşte noul sediu al Prefecturii, sunt amenajate primele captări de apă sistematizate, apare uzina electrică şi prima moară acţionată de aburi, ia fiinţă Parcul Stefăneşti, se ridică Hala din piaţa centrală , se modernizează căile de acces, apar dispensare, farmacii, prese de ulei, hambare pentru cereale. Un rol important în evoluţia Ştefăneştilor l-a avut comunitatea evreiască, atestată încă din 1604 (mărturia lui Iosub din Lemberg), ce număra, pe la 1910, 2883 de membri. Ea dispunea de învăţământ în limba maternă şi cunoştea o înfloritoare viaţă religioasă (existau la un moment dat 10 sinagogi -dintre care prima construită în 1720). La jumătatea secolului XX comunitatea evreiască era implicată în vaste relaţii comerciale internaţionale. Ştefăneşti este înzestrat cu “cel mai vechi monument religios din Moldova adaptat unor funcţii cu caracter defensiv” (V. Drăguţ) – biserica Cuv. Parascheva, începută probabil în timpul celei de a doua domnii a lui Ştefan al IX-lea Tomşa (1621-1623).
Tradiţia locală o atribuie lui Ştefan cel Mare, care se pare că a ridicat o altă biserică cu hramul Sf. Procopie în apropiere de cea de astăzi. Distrugerile şi ruina aduse de al doilea război mondial încep să fie depăşite abia prin reorganizarea administrativă din 1968, când se înfiinţează noi şcoli primare şi gimnaziale, Liceul de cultură generală, Muzeul “Ştefan Luchian” , cinematografe, Casa de cultură Ştefăneşti, când se extind reţelele de telecomunicaţii , radioul şi televiziunea, când apar fermele zootehnice, Staţiunile pentru mecanizarea agiculturii, când se asfaltează reţeaua de şosele, se electrifică toate satele dependente, când începe construcţia Nodului hidrotehnic Stânca-Costeşti (1978), cu misiunea de a regulariza debitul Prutului – împiedicând inundaţiile şi de a asigura necesarul de curent electric, dar care favorizează şi intensificarea tranzitului către Republica Moldova şi constituirea celui mai mare sistem de irigaţii din judeţ. Revoluţia din 1989 antrenează schimbări profunde în toate sferele de activitate ale localităţii, revigorându-se viaţa economică, socială şi culturală: se deschide punctul vamal Stânca-Costeşti, se liberalizează comerţul, apar primele manifestări cultural cu caracter internaţional: “Podul de flori”, Festivalul “Florile Prutului”.
Amplasarea geografică, condiţiile climaterice, resursele naturale şi nivelul de pregătire al forţei de muncă din localitate oferă largi perspective dezvoltării economice, sociale şi culturale. In 2004 Ştefăneşti primeşte statutul de oraş prin Legea 79/2004 în urma referendumului local.